Lembaga kemahasiswaan dan lembaga kelengkapan organisasi kemahasiswaan memiliki wilayah masing-masing sehingga hubungan antar lembaga lebih ditekankan pada hubungan koordinasi, kecuali dengan lembaga yang sifatnya legislatif. Kegiatannya secara setruktural dan internal organisasi lebih mengutamakan BEM dan UKM sebagai pusat gebyar kegiatan dan oleh karenanya BEM dan UKM harus memiliki otonomi.
Secara umum mekanisme organisasi mahasiswa Ma'soem University mengedepankan sistem aspiratif. Mekanisme ini mempunyai arti bahwa sistem yang berkembang dapat menempatkan naiknya aspirasi dan semaraknya dari bawah sebagai target utama, sehingga akan tercipta dinamis dunia kemahasiswaan yang kokoh di tingkat bawah. Sistem ini akan menjamin keberlangsungannya proses pembelajaran, pencerdasan dan pemberdayaan seluruh elemen organisasi.
Mekanisme program secara keseluruhan harus menjamin mekanisme bottom-up dari masa mahasiswa dan harus menghindari mekanisme top-up yang pada akhirnya akan menjebak organisasi pada situasi kepemimpinan yang otoriter. BEM bertanggung jawab menyusun pelaksanaan program-program yang bersifat rutinitas organisasi, program yang di butuhkan masyarakat kampus secara keseluruhan dan hal-hal yang butuh penyikapan cepat. Program yang dilaksanakan BEM dengan didasarkan kebutuhan seluruh mahasiswa Ma'soem University menjamin tidak akan tumpang tindihnya program dengan kegiatan yang seharusnya menjadi kapling yang berada dibawahnya.
(Kegiatan University Cup merupakan kegiatan tahunan yang diselenggarakan oleh BEM & DPM)
(Pelantikan BEM pada Kegiatan Sidang Permusyawaratan Mahasiswa dilangsungkan setiap tahun)